Thunderbird ukládá poštu na disk do formátu MBOX. Jedná se o šikovný formát, do kterého se rychle ukládají nové zprávy a rychle se z něj čte. Má však i některé nevýhody. Jednou z nich je omezení 4 GB pošty na složku, mazání pošty ze složky je pomalé, nástroje na indexaci pošty si s MBOXem příliš nerozumí a realizovat inkrementální zálohy pošty je obtížné.
Z tohoto důvodu se delší dobu pracuje na možnosti přepínat mezi formáty pro uložení pošty v Thunderbirdu. Jedním z alternativních formátů, o kterém se často hovoří, je Maildir, kde je každá zpráva uložena v samostatném souboru. V aktuální vývojové verzi Thunderbirdu 12 je již obsažena podpora pro více typů úložišť a to včetně podpory formátu Maildir. Co prozatím ještě chybí je možnost mezi jednotlivými úložišti přepínat. Nic také nebrání přidat pomocí doplňku podporu pro další typ úložiště.
Znamená to, že Thunderbird začne ukládat poštu do jiného formátu? Pravděpodobně ne. Přibude ale možnost si přepnout v případě přání na jiný formát a nově bude možné přidat formou rozšíření podporu pro další typy úložišť, pokud někdo pocítí potřebu a stávající formáty mu nebudou vyhovovat.